Administrāciju vada administrācijas direktors, kas vienlaikus ir galvenais valsts vides inspektors nacionālā parka un rezervātu teritorijās. 

Atļauju un informācijas daļa veic informācijas apstrādi, tās uzkrāšanu, informācijas apmaiņu, vides izglītības darbu un visa veida informācijas vizuālo noformēšanu. Sagatavo atļaujas, atzinumus un saskaņojumus par dabas resursu izmantošanu. Nodrošina apmeklētājiem un iedzīvotājiem informāciju par nacionālo parku, rezervātiem un to aizsardzības režīmu.

Kontroles sektors veic dabas aizsardzības normatīvo aktu ievērošanas kontroli Slīteres nacionālā parka, Moricsalas dabas rezervāta un Grīņu dabas rezervāta teritorijā. Sektorā strādā valsts vides inspektori, kuru pienākumus nosaka likums Par vides aizsardzību, Slīteres nacionālā parka likums, likums Par īpaši aizsargājamām dabas teritorijām un tiem pakārtotie normatīvie akti.

Izpētes un ekspertīzes sektors koordinē un veic zinātniskos pētījumus Slīteres nacionālajā parkā un rezervātos, monitoringu dabaszinātņu jomā, apkopo un glabā zinātnisko pētījumu rezultātus un datus. Sniedz ekspertu slēdzienus par plānoto saimniecisko darbību ietekmi uz dabas aizsardzības vērtībām, veic īpaši aizsargājamo sugu un biotopu apzināšanu un atradņu apsekošanu. 

Saimnieciskā sektora galvenie uzdevumi saistīti ar administrācijas apsaimniekošanā esošo teritoriju, ēku un materiāli tehniskās bāzes apsaimniekošanu un uzturēšanu. Sektors nodrošina dabas ekosistēmu saglabāšanas un aizsardzības pasākumus, tūrisma infrastruktūras uzturēšanu, teritoriju robežu apzīmēšanu dabā u.c.